马来西亚位于赤道北部，纬度介于北纬1度与8度，经度介于东经99度与120度之间。马来西亚主要由东马及西马组成，中间隔着南海。陆地相接的邻国有西马北部的泰国，以及东马的文莱和印尼。并与南方的新加坡通过柔佛海峡相连接，领海邻接越南 与菲律宾。马来西亚是唯一在亚洲大陆与马来群岛都拥有领土的国家，位于柔佛州南方的丹绒比亚是亚洲大陆的最南端。马六甲海峡位于苏门答腊与西马中间，堪称世界最重要的海运渠道。
马来西亚吉隆坡是马来西亚的首都 与最大城市。布城（Putrajaya）是联邦行政首都。即使联邦政府已有许多行政与司法机构搬迁到布城（以抒解吉隆坡逐渐增加的拥挤情况），吉隆坡依然被认定为这个国家的首都，因为国会座落在此。它也是大马主要的商业及经贸中心。其他主要城市包括槟城、亚庇、古晋、马六甲、新山、亚罗士打及怡保。
马来西亚的公路网涵盖98,721千米（61,342英里），并包括长达1,821千米（1,132英里）的大道。该国最长的高速公路是南北大道，全长800千米（497英里），介于泰国边界与新加坡之间。相较于西马，沙巴与砂拉越的公路系统较不发达，品质也较差。马来西亚共有118座机场，其中38座铺设硬面跑道。大马的国家航空公司是马来西亚航空，提供国际与国内航班，此外有两家马来西亚籍的航空公司飞航。铁路系统为国营，总长1,849千米（1,149英里）。在某些城市有造价相对低廉的高架轻轨系统，例如吉隆坡。亚细安铁路快车连结吉隆坡与曼谷，未来打算延伸从新加坡到中国。
